בראשון באוקטובר 1632 דפק על דלתו של האסטרונום המפורסם, גלילאו גליליי, האינקוויזיטור המפחיד של פירנצה, והגיש לו זימון להופיע בתוך 30 יום בפני האינקוויזיציה ברומא. המדען הידוע נאלץ לענות על האשמות כי הוא עודד כפירה בספרו האחרון. גלילאו היה אז בן 68, וההאשמות היו חמורות ביותר. כל מי שנמצא אשם בכפירה ריחף מעל ראשו גזר דין מוות.
מה היה פשעו של גלילאו, לפי הכנסייה הקתולית? גלילאו נקט עמדה הנוגדת את ההשקפות המסורתיות בדבר טבעו של היקום. הוא הציג ראיות חדשות ומפתיעות שהפלנטה שלנו לא נמצאת במרכז היקום. עבודתו של גלילאו, הנשענת גם על עבודותיהם של חוקרים אחרים, שכנעה אותו שכדור הארץ וכוכבי לכת אחרים נעים סביב השמש. רעיונות אלה נראו אז משונים. אנשים הצופים מכדור הארץ אל השמים, משוכנעים שכדור הארץ נייח וממוקם במרכז היקום, ושאר הגופים בשמים נעים סביבנו. ההתקדמות האיטית והקשה של רעיונות גלילאו מבהירה כיצד פועל המדע, לפעמים עליו להתמודד עם ההתנגדות קשה של גורמים בעלי כוח פוליטי רב. חשיבה חדשה זו הייתה חלק ממהפכה מפורסמת שהשפיעה רבות על הדרך שבה בני האדם חשבו על מקומם ביקום.
הרעיון החדש והקיצוני לכאורה, שכדור הארץ אינו גוף מרכזי ייחודי, אלא רק חלק טיפוסי ולא חשוב במיוחד של היקום, נקרא המהפכה הקופרניקאית. המהפכה הזאת המשנה את תפיסת מקומנו ביקום נקראת על שמו של המדען הפולני ניקולאוס קופרניקוס, שהציע כבר בסביבות 1500 שכדור הארץ אינו נמצא במרכז מערכת השמש. המהפכה הקופרניקאית היא אחד הרעיונות החשובים ביותר בהיסטוריה, משום שהיא מעידה על כך שאנו חלק מסביבה קוסמית גדולה יותר, ולא אדוני הטבע המתגוררים בבירת היקום.
גלילאו היה תחת מתקפה כנסייתית חמורה בשל תמיכתו בפומבי ברעיונותיו של קופרניקוס. הוא פרסם את מסקנותיו הראשונות שתמכו בקופרניקוס בשנת 1610. שש שנים לאחר מכן, פקיד בכיר בכנסייה הקתולית ביקר את גלילאו ויעץ לו להפסיק לתמוך ברעיונותיו של קופרניקוס עומדים בניגוד לתורת הכנסייה הקתולית. הפקיד הנחה את גלילאו שלא "להחזיק או להגן" על השקפות אלה, אם כי לדון בהן כהיפותזות. גלילאו הזדעזע מן המפגש הזה, אבל הלחץ לא מנע ממנו להמשיך בעבודתו המדעית. בתחילת 1632 פרסם גלילאו את יצירת המופת שלו, "דיאלוג על שתי מערכות עולם מרכזיות", שבו שתי דמויות בדיוניות מתלבטות האם כדור הארץ הוא מרכזי או לא. ספר גרם לגלילאו צרות רבות ביחסיו עם הכנסייה, משום שהציג את הרעיון הקופרניקאי בשפה ברורה ופשוטה, והוסיף והציג את התמיכה בעמדות הכנסייה באור מגוחך.
אחר שקיבל את הזימון להופיע לפני האינקוויזיציה, נאלץ גלילאו לנסוע לרומא. המשפט החל ב- 1633. התמליל ששרד מציג את הדילמה שעמדה בפני גלילאו. בהתחלה היה גלילאו בטוח שיוכל להבהיר את עמדתו. אחת השאלות הראשונות של האינקוויזיטורים עסקה בביקורו של הקרדינל ב- 1616. גלילאו תיאר את הביקור והציג כראיה מכתב מ- 1615 של הקרדינל המשבח אותו על כך שנקט רק "בדיבור באופן היפותטי ולא בוודאות" על הנושאים הנידונים. מכתב נוסף מן החשמן, שנכתב בשנת 1616, נתן את הפקודה כי "דעתו של קופרניקוס לא יכולה להיות מקובלת, מפני שהיא נוגדת את כתבי הקודש." על סמך המכתבים הללו טען גלילאו, כי ספרו המציג עמדות שונות הוא ברוח ההוראות שניתנו לו.
לדברי האינקוויזיטורים, גלילאו העדיף בבירור את עמדתו של קופרניקוס. גרוע מכך, האינקוויזיטורים הוציאו את עותק מהוראה של הקרדינל, שהכיל משפט נוסף "אסור לגלילאו ללמד את דעתו בשום אופן". גלילאו הניף את מכתבו והכחיש שאי-פעם נאמר לו משפט שכזה. כמה חוקרים מודרניים מאמינים שהמסמך של האינקוויזיטורים היה זיוף שנכתב על ידם אחרי 1616. בכל מקרה, רק דבר אחד היה מפיס את דעת האינקוויזיציה. כדי להישאר בחיים היה על גלילאו לחזור בו מאמונתו ברעיון קופרניקאי ולהכחיש כי כדור הארץ נע סביב השמש. האינקוויזיטורים הציגו בפני גלילאו – איש זקן בן 70 – את כלי העינויים שעשויים להשתמש בהם אם יסרב לשתף פעולה. הועלתה גם אפשרות נוספת שיישרף על המוקד, כפי שקרה למיסטיק ולאסטרונום ג'ורדנו ברונו 33 שנה קודם לכן.
גלילאו עמד בפני דילמה מוסרית בלתי אפשרית. האם עליו להסתכן במוות כדי להגן על התצפיות המדעיות שלו מול בית-הדין הסודי של האינקוויזיציה, או שמא עליו לדקלם וידוי שיספק את השופטים ויוכל לשרוד עוד קצת? הוא נתן את תשובתו תחת איום המוות, ואמר כי לעולם לא יגיד שהוא לא קתולי טוב או שניסה לרמות מישהו. עם זאת, תחת לחץ הוא היה מוכן לומר כי הוא לא מאמין ברעיון הקופרניקאי החדש. בסופו של דבר, הוא סמך על כך שהעותקים של ספרו יופצו, וכי הראיות המדעיות ידברו בעד עצמן. הוא התחנן בפני השופטים "להביא בחשבון את מצב המחלות הגופניות שפקדו אותי, בגיל 70 שנה, בעקבות עשרה חודשים של חרדה נפשית מתמדת". המשפט הגיע לשיאו ב- 22 ביוני 1633, כאשר זומן גלילאו לכרוע ברך לפני שהשופטים חרצו את עונשו ולהשמיע הודאה בטעות. השופטים קראו גינוי ארוך שכלל את התנגדותה החריפה של הכנסייה למהפכה הקופרניקאית. גלילאו נידון למעצר בית לכל ימי חייו. האינקוויזיטורים החרימו את הספר שלו. הוא נאלץ לחזור על הודאתו בפומבי ואמר כי הוא "ינטוש את הדעה השקרית שהשמש היא המרכז … וכי כדור הארץ אינו מרכז היקום", ונדר "לשכוח, לקלל, ולדחות את השגיאות והכפירה הנ"ל … "
קיימות כמה גרסאות לסיפור בדבר העימות בין גלילאו לבין הכנסייה הקתולית. כפי שציפה גלילאו, יצא ספרו לאור באירופה, ובתוך כמה עשורים היו רעיונותיו מקובלים. הכנסייה לא יכלה להפסיק את התפשטותם של רעיונות מדעיים חדשים. ב -1757 הוסר ספרו של גלילאו מרשימת ספרים, שנאסרה על ידי הכנסייה הקתולית. ב- 1983 האפיפיור יוחנן פאולוס השני דן במקרה של גלילאו, וב -1992 פרסם הודעה רשמית שהכנסייה טעתה בגינוי גלילאו, וכי המדע הוא תחום ידע בר-תוקף "אשר בו הסיבה יכולה להתגלות מעצמה". הסיפור הזה אולי מבהיר משהו שמפתיע אנשים רבים היום – מדוע אנשי אקדמיה, מדענים ואינטלקטואלים מודאגים כל כך ביחס לשמירה על החופש האקדמי, המאפשר להמשיך ולהביע דעות השנויות במחלוקת. הנקודה האמיתית בסיפורו של גלילאו אינה הסכסוך בין המדע לכנסייה, אלא העובדה שהאידיאולוגיה המושרשת היא אויבת ההבנה האנושית. כפי שמראה איטליה בשנים של ראשית המאה ה-17, או בגרמניה בשנות השלושים, או בברית המועצות במרבית המאה העשרים – ואפילו פרקים בתולדות ארצות הברית – קל מאוד לחברה קנאית להשתיק את קולותיהם של אנשים המבטאים רעיונות לא פופולריים. ההיסטוריה מראה כי רעיונות לא פופולריים, כמו אלו של גלילאו, עשויים להתברר כנכונים!